陶望齡，明南京禮部尚書陶承學之三子，榜眼陶大臨的侄子。嘉靖三十五年（1556）陶望齡少有文名，5歲時有人出上聯“中舉中進士，”他應聲對道：“希賢希圣人。”7歲時，父親任職河南，全家行到半途，母親因事擬返鄉。母親問陶望齡：“從父耶？從母耶？”他拱手答道：“男子固宜從父。”遂與父行。9歲時，他經常與其兄“匡坐終日”，相互問答，誰也聽不懂他們在說些什么，“皆世外語”。陶望齡17歲補邑弟子員，遂致力于古文辭，“搜討百氏，力追先秦，廣涉各書”。19歲與學者商周祚之孫女結婚，燕爾之初，仍然每日讀書作文。浙江督學林景庸讀了陶望齡的文章后，評價極高，特給予稟生待遇。

　　陶望齡于萬歷十三年（1585）考中鄉試第二名。四年后會試第一，殿試第三，與董其昌、袁可立為同年，授翰林編修。萬歷二十三年（1595）三月，被內閣提名充任正史纂修官，與焦竑、袁伯修、黃平倩共同研究性理之學，尤其癡迷王陽明的學說。他久在翰林，以清新自持被推為詩文之首。萬歷三十三年（1605）十月，升為國子監祭酒。

　　宰輔沈一貫以“妖書”之事，欲陷害禮部尚書郭正域。事發緊急，陶望齡與狀元唐文獻，同僚楊道賓、周如砥一同來見沈一貫，正色責以大義，并愿棄官與郭尚書同死，在眾官員的救護下，郭正域的案情才得到緩解。

　　陶望齡曾上《正紀綱》之疏，內中言道：“大臣所是，小臣所非，相援相訐，以成曹耦。下以非法爭法，上以煩言止言。一議反復，而數月未定；一語糾結，而累牘不止。則大臣與小臣不交。”指出內閣重臣與朝廷眾臣之間互相缺乏溝通的四種弊端，造成“精神不運，而問紀綱。紀綱不調，而問風俗。馬不進而策車，御不役而咎馬。”的怪現象。可惜他關系國計民生，切中時弊的奏章，并未受到重視。陶望齡還上疏議論邊防之事，同樣未被采納。

　　萬歷二十四年（1596），陶望齡請假回鄉，袁宏道正任江蘇吳縣縣令，陶望齡特慕名前去拜訪，兩人長談三日，引為知交。次年，袁中郎辭官來到紹興，與陶望齡同游越中山水，對紹興的奇山、怪石、秀水產生了濃厚的興趣，寫了不少有名的詩句，使紹興山水名揚天下。有一天晚上，袁宏道在陶望齡家隨意抽取書架上的書，拿到《闕編》詩一卷，紙張印術俱劣，而且都被煤煙熏黑了，但袁宏道在燈下讀了沒幾首，就驚訝地跳了起來，忙問陶：“這《闕編》詩的作者是誰？是古人？還是今人？”陶說：“這是我的同鄉徐渭（字文長）先生寫的。”于是兩人一起在燈下讀詩，讀了就叫好，叫好之后再讀，入睡的童仆都被他倆吵醒了。在袁宏道的鼓勵下，陶望齡花很大力氣，將著名畫家徐渭散佚的作品搜集整理，編成了長達三十卷的《徐文長集》。